یکی ازنقاط ضعف یا disadvantage های نمونه گیری خوشه ای این حقیقت است که گروه هایی که بصورت طبیعی دریک خوشه دور هم جمع آمده اند معمولا ازنظر متغیرهای موردعلاقه ما برای مطالعه نسبتا هومو ژن homogeneous هستند.

بعنوان مثال، هریک از بلاک های درون یک شهر تمایل دارند که از مردمی با وضعیت socioeconomic   یکسانی تشکیل شده باشند. این بدان معناست که بهنگام آنالیز آماری باید به مسئله خوشه ای بودن نمونه گیری توجه کنیم و درتفاسیر آماری و مبحث Discussion مقاله خودمان به این موضوع به نحو مناسبی بپردازیم.